De ascendencia noble, su familia disponía de recursos suficientes para permitirle dedicarse al estudio. Se conoce poco acerca de su infancia y juventud: su principal biógrafo, Eustaquio Fernández de Navarrete, afirma que estudió en un colegio en Francia, aunque no especifica en cuál. Más tarde cursó en Peñaflorida, su tío abuelo. Formó parte de la Sociedad Bascongada de Amigos del País, fundada por Peñaflorida, donde leyó sus primeras fábulas. La primera colección de las mismas fue publicada en Valencia en 1781.
De su entusiasmo por los enciclopedistas, tal vez nacido de su educación en Francia , adquirió la afición por la crítica mordaz contra la política y la religión; se burló de los privilegios, y llegó a rechazar un cargo ofrecido por Floridablanca Sus cuentos más subidos de tono fueron compuestos al estilo de las Fábulas eróticas de Jean de la Fontaine. Por estos escritos y otros de índole anticlerical, sufrió encontronazos con la Inquisición: el Tribunal de Logroño trató de confinarlo en un convento en 1793 tras considerar anticlerical y licenciosa parte de su obra, y le confinó durante varios meses en un convento en Portugalete; se salvó del castigo gracias a la intervención de sus influyentes amigos, que algunos conservaba. Se desconocen, sin embargo, los detalles del proceso inquisitorial.
La publicación de las fábulas de Tomás de Iriarte(que había sido su amigo) un año después que las suyas, con un prólogo en el que afirmaba que eran "las primeras fábulas originales en lengua castellana", irritó a Samaniego y desató una rivalidad entre ambos escritores que duraría toda su vida. Samaniego publicó anónimamente el folleto satíricoObservaciones sobre las fábulas literarias originales de D. Tomás de Iriarte (1782) y, poco después, una parodia del poema La música, también de Iriarte, que tituló Coplas para tocarse al violín a guisa de tonadilla.Siguieron numerosos libelos, contestados con la misma violencia por Iriarte. Sin embargo, cierto espíritu volteriano confería a los ataques de Samaniego una crueldad mayor.
OBRAS
La influencia de su educación francesa se advierte en la única obra por la que lo conocemos: las Fábulas en verso castellano para el uso del Real Seminario Bascongado, 157 fábulas distribuidas en 9 libros. Samaniego ridiculiza los defectos humanos en sus fábulas, imitando a los grandes fabulistas Fedro, Esopo y La Fontaine. Aunque las fábulas de Samaniego están escritas en verso, su carácter es prosaico, dados los asuntos que trata y su finalidad es didáctica. Siguiendo el ejemplo de Fedro, Samaniego elimina de sus fábulas el tono ingenuo y entrañable de que dotara Esopo a las suyas y las llena de críticas veladas pero implacables contra personajes relevantes, hábitos sociales y actitudes políticas de dudosa integridad. Entre sus principales fábulas tenemos: La paloma, Congreso de ratones, La cigarra y la hormiga, El perro y el cocodrilo y La zorra y las uvas.
Escribió asimismo una colección de poesía erótica, de tono humorístico y contenido procaz, que se publicó por primera vez con el título de El jardín de Venus.
